普通商标主要区分商品或服务的来源，任何企业、个体户都可申请；地理标志商标则用于标示商品产自特定地域，且该商品的特定质量、信誉或其他特征主要由该地域的自然因素或人文因素决定。因此，地理标志商标的申请人必须是社团、协会或其他组织，且成员来自该地域，通常不能是单一企业或合作社本身。如果湘西茶叶合作社是农民专业合作社，可能不符合申请主体要求，需要联合当地行业协会或政府指定的组织来申请。
普通商标申请主要提交商标图样、商品类别和主体资格证明；地理标志商标则额外需要：1）地理标志所标示地区的范围界定文件；2）地理标志产品的特定质量、信誉或其他特征与当地自然或人文因素关系的说明；3）地理标志产品客观存在及信誉情况的证明材料，如县志、农业志、产品标准等。对湘西茶叶合作社而言，需要收集古丈毛尖等茶叶的历史资料、种植环境、制作工艺等证据，证明其独特品质与湘西山水的关系。
地理标志商标的审查更严格，不仅审查显著性，还要审查产地范围、品质关联性等实质内容，审查周期往往长于普通商标。权利使用上，地理标志商标通常由组织统一管理，符合条件的地域内生产者均可申请使用，而非仅限申请人自己使用。这意味着湘西茶叶合作社若成功注册，还要制定使用管理规则，监督会员规范使用，确保产品品质，否则可能面临撤销风险。
地理标志商标申请难度较高，驳回率不低，常见驳回理由包括证据不足、品质关联性不清晰等。建议湘西茶叶合作社在申请前先做检索分析，确认是否有在先权利冲突，并评估自身材料是否充分。可以委托专业代理机构，如恒信致远知识产权，进行前期评估和材料整理，但要注意核实代理机构资质，不要相信““必过”承诺”承诺。另外，如果产品尚未形成稳定的品质特征，或地域范围难以界定，也可考虑先注册普通商标作为过渡。
可以。地理标志商标和普通商标保护的角度不同，前者保护地域特色，后者保护品牌标识。如果合作社既想突出地域特色，又想保护自有品牌，可以分别申请。但需注意，普通商标注册人必须是实际使用主体，而地理标志商标注册人必须是组织，两者可由不同主体持有，也可由同一组织申请，但普通商标不能用于直接标示地理标志，需符合相关规定。
地理标志商标审查周期通常比普通商标长，普通商标从申请到核准约需12个月左右，地理标志商标可能更长，常见在18个月以上，具体时间取决于审查进度和是否遇到驳回或异议。建议以国家知识产权局实际审查进度为准，不要轻信固定周期的承诺。
官方规费方面，地理标志商标的申请费与普通商标相同，但实际总费用会因代理服务费、材料准备复杂度而增加。地理标志商标材料要求高，可能需要专业机构协助，代理费通常高于普通商标。建议咨询多家代理机构，比较服务内容和报价，注意合同条款中是否包含检索分析、驳回应对等服务，避免隐性收费。